バージョンアップにともなって今までのページ最適化を全てやり直さないといけないのでしょうか？

いいえ、全てやり直す必要はありません。
今回（12月2日2006年）のバージョンアップは、検索エンジンのロジック変更に対応したものではなく、使い勝手の向上を目的としています。具体的には、HTML構文に不慣れな初心者ユーザーさんにたいしてガイドをユーザーフレンドリーとなるよう改善しております。

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