■ホームページ制作とSEO対策 その１：ホバーウィンドウ（スクロールウィンドウ）

ＳＥＯ対策の上でホバーウィンドウ（スクロールウィンドウ）はマイナスでしょうか？

いいえ。基本的に問題ありません。但し、Layer機能を利用するなら画面の外にLayer区域を指定しないようにしてください。スパムにみなされる場合があります。
基本的に、ホバーウィンドウ（スクロールウィンドウともいう）はjavascliptで記述されていますので、検索エンジンはその内容を認識しません。極々まっとうに制作されれば全く問題ありません。